SITE-Seq原理:結(jié)合化學(xué)標(biāo)記和測(cè)序,定位Cas9切割位點(diǎn)。優(yōu)點(diǎn):靈敏度高,可檢測(cè)低頻脫靶。缺點(diǎn):需優(yōu)化化學(xué)標(biāo)記條件。3. 基于細(xì)胞表型的檢測(cè)單細(xì)胞測(cè)序原理:對(duì)單個(gè)編輯細(xì)胞進(jìn)行全基因組或轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,分析表型與基因型關(guān)聯(lián)。優(yōu)點(diǎn):可揭示脫靶效應(yīng)對(duì)細(xì)胞功能的影響。缺點(diǎn):成本高,數(shù)據(jù)分析復(fù)雜。功能篩選原理:利用報(bào)告基因系統(tǒng)(如熒光蛋白)篩選脫靶效應(yīng)導(dǎo)致的表型變化。優(yōu)點(diǎn):簡(jiǎn)單快速,適用于高通量篩選。缺點(diǎn):檢測(cè)已知表型相關(guān)的脫靶。定量脫靶檢測(cè),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。浙江off-target脫靶檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室
上海唯可生物科技有限公司的研究團(tuán)隊(duì)深知脫靶檢測(cè)的重要性,他們憑借深厚的專業(yè)知識(shí)和豐富的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn),在這一領(lǐng)域展開(kāi)了深入的研究。公司采用了多種先進(jìn)的技術(shù)手段來(lái)進(jìn)行脫靶檢測(cè),其中,全基因組測(cè)序技術(shù)是一項(xiàng)重要的基礎(chǔ)工具。全基因組測(cè)序能夠?qū)ι矬w的整個(gè)基因組進(jìn)行詳細(xì)的測(cè)序分析,通過(guò)將編輯后的基因組序列與原始序列進(jìn)行比對(duì),可以精確地找出那些被意外編輯的脫靶位點(diǎn)。這種方法雖然具有高分辨率的優(yōu)點(diǎn),能夠檢測(cè)到基因組中的脫靶情況,但也面臨著數(shù)據(jù)量大、分析復(fù)雜等挑戰(zhàn)。上海唯可生物科技有限公司的研究人員通過(guò)不斷優(yōu)化數(shù)據(jù)分析算法和流程,提高了全基因組測(cè)序在脫靶檢測(cè)中的效率和準(zhǔn)確性,使其成為公司脫靶檢測(cè)體系中的重要支柱。off-target脫靶檢測(cè)技術(shù)脫靶切割位點(diǎn)已在基因編輯技術(shù),CRISPR / Cas9,ZFNs和TALEN。
基因編輯產(chǎn)品除了適用基因zhiliao產(chǎn)品的一般考慮以及整合性載體的特殊考慮外,長(zhǎng)期隨訪中還應(yīng)額外關(guān)注脫靶風(fēng)險(xiǎn),量化評(píng)估脫靶活性和在靶活性之間的相關(guān)性,或利用在靶活性來(lái)預(yù)測(cè)脫靶活性的水平。在開(kāi)發(fā)過(guò)程中應(yīng)同時(shí)關(guān)注基因轉(zhuǎn)導(dǎo)效率、脫靶效率、插入突變情況、目的基因在靶細(xì)胞中整合位點(diǎn)及表達(dá)。評(píng)估基因zhiliao產(chǎn)品整合進(jìn)基因組的可能性,判斷是否需要開(kāi)展另外的遺傳毒性研究,評(píng)估插入突變(插入位點(diǎn)、插入拷貝數(shù)等)引起的遺傳毒性風(fēng)險(xiǎn)。需要關(guān)注脫靶編輯、轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)座印跡引起的遺傳毒性問(wèn)題;鑒定/表征基因組整合位點(diǎn)。非臨床研究是藥物開(kāi)發(fā)的重要環(huán)節(jié)之一。
脫靶檢測(cè)是基因編輯領(lǐng)域中的一個(gè)重要環(huán)節(jié),主要用于評(píng)估基因編輯工具(如CRISPR/Cas9系統(tǒng))在目標(biāo)基因之外是否產(chǎn)生了非特異性的基因變化。應(yīng)用場(chǎng)景——基因療愈:在療愈血液病、遺傳病等疾病時(shí),確保基因編輯工具的特異性。二,藥物研發(fā):在藥物設(shè)計(jì)和研發(fā)過(guò)程中,評(píng)估藥物脫靶效應(yīng),優(yōu)化藥物安全性?;A(chǔ)研究:在基因功能研究、基因編輯工具的開(kāi)發(fā)等領(lǐng)域,確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性。結(jié)論,脫靶檢測(cè)是確保基因編輯安全性和有效性的關(guān)鍵步驟。隨著技術(shù)的不斷發(fā)展,新的檢測(cè)方法不斷涌現(xiàn),為基因編輯領(lǐng)域的研究和應(yīng)用提供了更加準(zhǔn)確的安全評(píng)估工具。 脫靶(off-target)效應(yīng)是指MicroRNA Agomir/Antagomir可以與特異性互補(bǔ)的核苷酸序列結(jié)合。
脫靶檢測(cè)的方法有:功能性測(cè)定(FunctionalAssays):利用特定細(xì)胞或組織的生理功能,觀察療愈物質(zhì)對(duì)其功能的影響,以判斷是否存在脫靶效應(yīng)。細(xì)胞信號(hào)通路研究(CellSignalingPathwayAnalysis):研究療愈物質(zhì)對(duì)細(xì)胞內(nèi)信號(hào)通路的影響,以確定是否干擾了非預(yù)期的信號(hào)傳導(dǎo)途徑。動(dòng)物模型研究(AnimalModelStudies):在動(dòng)物體內(nèi)評(píng)估療愈物質(zhì)的脫靶效應(yīng),通過(guò)觀察動(dòng)物行為、生理指標(biāo)或組織病理學(xué)變化來(lái)判斷。脫靶檢測(cè)在基因療愈、藥物療愈等領(lǐng)域具有廣泛的應(yīng)用。在基因療愈中,F(xiàn)DA和CDE等監(jiān)管機(jī)構(gòu)對(duì)基因編輯脫靶檢測(cè)提出了嚴(yán)格的要求和指導(dǎo)原則,以確保基因療愈產(chǎn)品的安全性和有效性。在藥物療愈中,脫靶檢測(cè)可以幫助優(yōu)化藥物設(shè)計(jì)、提高藥物的選擇性和安全性,降低潛在的不良副作用風(fēng)險(xiǎn)。 種子脫靶檢測(cè),推薦唯可生物,實(shí)驗(yàn)實(shí)力強(qiáng),專業(yè)性高,檢測(cè)效率高,結(jié)果準(zhǔn)確率高。無(wú)錫crispr/cas9脫靶檢測(cè)CRO
預(yù)算允許的情況下,通過(guò)全基因組測(cè)序的方法進(jìn)行全基因組序列的分析和比對(duì)更精細(xì),如基于NGS的iGUIDE方法。浙江off-target脫靶檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室
基因編輯脫靶檢測(cè)方法:ChIP-seq:利用缺乏DNA切割活性的dCas9結(jié)合DNA的特性,進(jìn)行全基因組范圍的結(jié)合情況檢測(cè),以評(píng)估潛在的脫靶位點(diǎn)。IDLVcapture:基于非同源末端連接(NHEJ)的DNA修復(fù)過(guò)程,通過(guò)轉(zhuǎn)染篩選基因的IDLV進(jìn)行篩選,以確認(rèn)脫靶位點(diǎn)。GUIDE-seq:利用雙鏈DNA斷裂(DSB)位點(diǎn)的非同源末端連接過(guò)程中可以連入雙鏈DNA的特性,通過(guò)引入短雙鏈寡核苷酸來(lái)標(biāo)記CRISPR/Cas9切割的DSB,進(jìn)而確定脫靶突變的位置。LAM-HTGTS:基于CRISPR/Cas9等造成的DSB可能導(dǎo)致染色質(zhì)DNA的易位連接,通過(guò)檢查這些易位連接位點(diǎn)來(lái)識(shí)別潛在的脫靶位點(diǎn)。BLESS/BLISS/End-seq/DSBCapture等:這些方法通過(guò)直接在DSB位點(diǎn)連入接頭,捕獲DSB位點(diǎn),結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行脫靶位點(diǎn)檢測(cè)。DISCOVER-seq:利用DNA修復(fù)因子(如MRE11)結(jié)合染色質(zhì)免疫共沉淀和高通量測(cè)序的方法,捕獲CRISPR/Cas9造成的DSB位點(diǎn),進(jìn)而鑒定潛在的脫靶位點(diǎn)。 浙江off-target脫靶檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室